المشاركة في تظاهرت مناهضة للاحتلال في بيرزيت ورام الله.
استطاع تجاوز عقوبة إبعاده عن مقاعد الدراسة بان حصل على الثانوية العامة داخل السجن، وأضاف إليها تعلمه للغة العبرية ومبادىء الفرنسية والإنجليزية فضلا عن زيادة ثقافته.
عمل البرغوثي بعد ابعاده مباشرة إلى جانب الشهيد القائد أبوجهاد الذي كلّفه بالمسؤولية والمتابعة في تنظيم الأراضي الفلسطينية
في عام 1994 عاد البرغوثي على رأس أول مجموعة من المبعدين إلى الأراضي المحتلة.
البرغوثي الذي يحمل درجة البكالوريوس في التاريخ والعلوم السياسية ودرجة الماجستير في العلاقات الدولية والذي عمل حتى اعتقاله محاضرا في جامعة القدس في أبو ديس، متزوج من السيدة والمحامية فدوى البرغوثي والتي تعمل منذ سنوات طويلة في المجال الاجتماعي وفي مجال المنظمات النسائية.
وللبرغوثي ولزوجته أربعة أولاد أكبرهم القسام والمعتقل في سجن عوفر منذ نهاية 12/2003 وعمره 18 عاما وربى وهي في الثانوية العامة وشرف في الصف التاسع وعرب في الصف الثامن. وعند اختطافه قال شارون"أنه يأسف لإلقاء القبض عليه حياً وكان يفضل إن يكون رمادا في جره
البرغوثي بالقول "إن اعتقال البرغوثي هو هدية عيد الاستقلال التي يقدمها الجيش للشعب الإسرائيلي وان اعتقاله ضربة قاتلة للانتفاضة".
وبتاريخ 20/5/2004 عقدت المحكمة المركزية في تل أبيب جلستها لإدانة القائد المناضل مروان ألبرغوثي، حيث كان القرار بإدانته بخمسة تهم بالمسؤولية العامة لكونه أمين سر حركة فتح في الضفة، وبكون كتائب شهداء الأقصى تابعة لفتح فأن أي عمل عسكري قامت به يتحمل ألبرغوثي مسؤوليته. وقد طالب الادعاء العام بإنزال أقصى العقوبة بحق المناضل ألبرغوثي.
ورد البرغوثي في جلسة المحكمة مخاطبا القضاة "إنكم في إصداركم هذا الحكم غير القانوني ترتكبون جريمة حرب تماما مثل طياري الجيش الإسرائيليالذين يلقون القنابل على
الفلسطينيين تماشيا مع قرارات الاحتلال". وأضاف البرغوثي " إذا كان ثمن حرية شعبي فقدان حريتي، فأنا مستعد لدفع هذا الثمن".
نشط البرغوثي في الانتفاضة الثانية (إنتفاضة الأقصى) كما فعل في الانتفاضة الاولى.و كان اخر منصب يشغره البرغوثي هو الامين العام لحركة فتح في الضفة الغربية، وقامت إسرائيل بمحاولة لتصفيته جسديا ولكن المحاولة لم تكن ناجحه، وفي 2002 القت السلطات الاسرائيلية القبض عليه وقدمته لمحكمة التي بدورها أدانته بتهم القتل والشروع بالقتل وحُكم عليه بالسجن المؤبد 5 مرات.
